Grupa za molekularnu biologiju
srijeda, 16. svibnja 2007. godine u 18.00 sati predavaonica B02 (MB1)
Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, Rooseveltov trg 6, Zagreb

Dr. Vanja Klepac-Ceraj, Ph.D.
Harvard Medical School, Dept. Microbiology and Molecular Genetics,
Boston, MA, SAD

Prozor u mikrobnu raznolikost

Molekularnim studijama je pokazano da su mikrobne zajednice izuzetno raznolike.  No, sam pojam mikrobne raznolikosti još uvijek nije do kraja definiran jer nam nedostaju odgovori na temeljna pitanja poput:  Koliko bakterijskih vrsta živi zajedno u određenoj mikrobnoj zajednici? i, Da li te vrste formiraju filogenetski zasebne jedinice određene ekološke vrijednosti?  Kako većinu mikroorganizama još uvijek nije moguće uzgajati u laboratoriju, odgovore na pitanja vezane uz bakterijsku raznolikost sam istraživala metodama molekularne biologije, točnije analizom velikih knjižnica sekvenci 16S rRNA gena dobivenih direktno iz uzoraka zajednice obalnog bakterioplanktona (sjeverozapadnog Atlantika). 16S rRNA gen se često koristi za dobivanje tzv. “otisaka prstiju” pojedinačnih mikrobnih tipova. Jedna od najznačajnih spoznaja proizašlih iz ovog istraživanja je da većina sekvencija iz iste mikrobne zajednice pripada skupinama s mikro razlikama, koje se razlikuju u <1% sekvence. Sličan profil mikroraznolikosti dobiven je i detaljnom analizom pojedinih gena i genoma bakterija koje pripadaju Vibrio splendidus, izoliranih iz iste zajednice obalnog bakterioplanktona. Smatramo da su skupine mikroraznolikosti bitne jedinice diferencijacije u prirodnim bakterijskim zajednicama.  Naša hipoteza je da te skupine nastaju putem selektivnih «čistki» i da sadrže visoku raznolikost zato što su kompetitivni mehanizmi preslabi da bi izbrisali raznolikost unutar skupina. Ovaj rezultat se ne uklapa u trenutno shvaćanje pojma bakterijskih vrsta, te zahtijeva preispitivanje same definicije mikrobnih vrsta. Potrebna su dodatna istraživanja kako bi utvrdili do koje granice se ta raznolikost odražava na ekološki diferencirane populacije (tj. grupe mikroorganizama koje na promjene u okolišu reagiraju kao jedinke).

Predsjednica HGD-a:
Dr. sc. Đurđica Ugarković, zn. savjetnica, IRB

Koordinatori predavanja:
Dr. sc. Ksenija Zahradka, zn. sur., IRB
Dr. sc. Krešimir Gjuračić, GSK Research Centre Zagreb Ltd.