Tradicionalne metode pretraživanja pokazale su se kao iznimno uspješne u pronalaženju klinièki korisnih prirodnih spojeva. Meðutim, u posljednjih par desetljeæa, broj novih spojeva u drastiènom je padu. Taj trend ne pokazuje znakove skorijeg oporavka. Da li rješenje (ili možda problem) leži u èinjenici da su se vodeæe svjetske farmaceutske kompanije veæinom okrenule pretraživanju kolekcija malih kemijskih entiteta, ili u tome da su nam izvori kulturabilnih mikroorganizama sposobnih sintetizirati nove upotrebljive spojeve jednostavno presušili, a s njima i dotok novih antibiotika. Pitanje koje se postavlja jest: Da li postoje alternativne strategije koje bi pridonijele rješavanju ovoga važnog problema? Usporeðivanje velikih kolekcija organskih spojeva s modelima razlièitih bolesti sa ciljem da organski kemièar odabere one koje pokazuju željenu aktivnost, zasad nije poluèilo rezultate koji bi se mogli usporediti sa spojevima koje sintetiziraju mikroorganizmi. Vjerujemo da visoka uèinkovitost prirodnih spojeva nije sluèajna, te da bi se trebali vratiti proširivanju kolekcije prirodnih spojeva. Kada bi postojao naèin da se pomoæu raèunala brzo i ciljano pretražuju sekvencije DNA postojeæih, kao i novosekvenciranih, genoma u potrazi za genskim nakupinama odgovornim za sintezu sekundarnih metabolita, možda bi se mogli približiti rješenju. Takoðer, kada bismo mogli in silico preslagivati postojeæe uspješne genske nakupine i na taj naèin poveæati svoju kolekciju prirodnih spojeva možda bi uspjeli doæi do kritiène mase novih spojeva prirodnog porijekla meðu kojima se krije neki novi penicilin. Upravo te moguænosti pružaju raèunalni programski paketi ClustScan i CompGen.